例えばこんなデータがあったとして、赤と青の四角を一枚の画像で書き出したい場合。

以下のようにレイヤーパネルで該当のレイヤーを選択して、右上の下矢印から「レイヤーを複製」を選択します。

以下のような画面がでますので保存先のドキュメントプルダウンで「新規」を選択しますと。

こんな具合にもとのファイルサイズで背景が透過している新規ドキュメント内に該当のレイヤーが複製されますので、あとはザックリとこれらを選択して [Cmd] + [Shift] + [C] → [Cmd] + [N] → [Cmd] + [V] なんかをやればOKです。

「レイヤーを複製」にショートカットを設定しておくとさらにお得です。